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    Fulvio DELLA RAGIONE

    Insegnamento di Biochimica

    Corso di laurea magistrale a ciclo unico in MEDICINA E CHIRURGIA (Sede di Napoli)

    SSD: BIO/10

    CFU: 10,00

    ORE PER UNITÀ DIDATTICA: 100,00

    Periodo di Erogazione: Annualità Singola

    Italiano

    Lingua di insegnamento

    ITALIANO

    Contenuti

    Il corso di Biochimica, che è organizzato in due semestri, fornisce una
    visione generale ed un’approfondita analisi della biochimica, sia
    strutturale, sia, in particolare, metabolica, necessaria alla comprensione
    delle basi delle patologie umane e, pertanto, fondamentale per la
    formazione di un medico completo. Saranno approfonditi, in particolare, i
    meccanismi molecolari alla base della fisiologia umana, della patologia e
    della farmacologia, con particolare riguardo alla Medicina di Precisione

    Testi di riferimento

    Principi di biochimica di Lehninger - Settima edizione - David L Nelson
    Michael M Cox . 2018 - Zanichelli
    Principi di biochimica - Donald Voet, Judith G. Voet, Charlotte W. Pratt -
    2017 - Zanichelli
    Biochimica con aspetti clinici - Thomas M. Devlin - 2012 - EdiSes
    Biochimica generale. Con elementi di biologia molecolare - F. Salvatore et
    al. - 2013 - Gnocchi
    L.A.Moran, K.G.Scrimgeour, H.R.Horton,R.S.Hochs, J.D.Rawn BIOCHIMICA
    Casa editrice McGroww-Hill
    Garrett e Grisham- Principi di Biochimica – Ed. Piccin
    Campbell / Farrell BIOCHIMICA - EdiSES
    J.M.Berg, J.L.Tymoczko, L.Stayer BIOCHIMICA - Zanichelli

    Obiettivi formativi

    Chirurgia le basi chimiche e biologiche per la comprensione dei
    meccanismi fisiologici dell’omeostasi biochimica a livello cellulare e
    sistemico e per interpretare correttamente i cambiamenti biochimici che
    si verificano in condizioni patologiche. In particolare, Il Corso di
    Biochimica sarà incentrato principalmente sullo studio delle principali classi di molecole e macromolecole biologiche e dei principali processi
    che regolano il loro metabolismo e quello energetico, sulla regolazione a
    livello molecolare e cellulare delle principali vie metaboliche e delle
    correlazioni biochimiche fra organi e tessuti in condizioni normali e
    patologiche. Modelli di interferenza farmacologica con le vie biochimiche
    studiate saranno inoltre discussi. Alla fine del Corso, lo studente avrà le
    basi per comprendere i principi che guidano la moderna medicina
    molecolare di precisione ed affrontare con adeguato bagaglio culturale lo
    studio degli insegnamenti di fisiologia, patologia, immunologia,
    farmacologia e clinica medica a livello molecolare

    Prerequisiti

    Per frequentare con competenza il Corso di Biochimica, gli studenti
    devono aver acquisito una solida esperienza in Chimica e Propedeutica
    Biochimica, Biologia e Biologia Molecolare, e Fisica.
    L'accesso all'esame è regolato da propedeuticità come stabilito dal
    Consiglio del Corso di laurea

    Metodologie didattiche

    Il Corso sarà svolto con lezioni frontali mediante presentazioni in Power
    point o altro materiale informatico. Durante la lezione, sarà stimolata la
    discussione per fornire sia chiarimenti sia ulteriori approfondimenti
    sull’argomento trattato. I docenti saranno a disposizione durante tutta la
    durata del corso, e successivamente, per fornire spiegazioni sugli
    argomenti trattati durante le lezioni e supportare gli studenti durante il
    loro percorso formativo.

    Metodi di valutazione

    L’esame finale include una prova scritta seguita da un colloquio orale.
    Potrà essere prevista inoltre una prova intercorso, basata su quiz a
    risposta multipla. Tale prova costituisce una verifica, utile allo studente,
    dell'apprendimento in aula ma il suo esito non verrà preso in
    considerazione per la valutazione.
    Per l’esame, si prevede 1. una prova scritta costituita da un test con 30
    domande a risposta multipla (sarà assegnato 1 punto per ogni risposta
    esatta, 0 punti per le risposte sbagliate) che riguarderanno tutti gli
    argomenti del corso; 2. al superamento della prova scritta (punteggio
    minimo per l’ammissione 18), seguirà contestualmente un colloquio orale
    volto ad accertare con chiarezza l'apprendimento degli argomenti
    affrontati durante il corso di Biochimica. Lo studente dovrà dimostrare
    un’adeguata conoscenza della struttura delle principali classi di
    biomolecole, delle principali vie metaboliche e della loro regolazione, con
    particolare attenzione ai meccanismi delle più comuni patologie. Il voto
    finale sarà valutato in trentesimi, dove 18 rappresenta il minimo e 30 il
    massimo.

    Programma del corso

    I semestre
    • Gruppi funzionali e legame chimico. Importanza nella stabilità
    strutturale e organizzazione tridimensionale delle macromolecole
    biologiche.
    • L’acqua: importanza per la vita; acqua nei fluidi biologici; struttura
    dell’acqua e sue proprietà chimico-fisiche (pH, effetto tampone, equilibrio
    acido-base, ecc.); interazioni espletate dall’acqua; legame a idrogeno,
    struttura dell’acqua solida e liquida; anomalie dell’acqua; solubilità;
    costante dielettrica e suo significato; effetti termodinamici della
    solubilità; effetto solvente; effetto idrofobico; conseguenze biologiche
    dell’effetto idrofobico. Proprietà dei sistemi viventi.
    • Amminoacidi; struttura e classificazione in base alla natura chimica
    della catena laterale; altre classificazioni (es: amminoacidi essenziali e
    non; altre sottoclassi: es. idrossiamminoacidi, amminoacidi solforati, etc).
    Proprietà acido-base; attività ottica e chiralità; proteine; legame
    peptidico; catena laterale degli amminoacidi e loro classificazione e
    proprietà; modifiche post-biosintetiche.
    • Proteine. Le molteplici funzioni biologiche delle proteine. Cenni sui
    peptidi con attività biologica. Livelli di organizzazione strutturale delle
    proteine. Struttura primaria. Struttura secondaria. Struttura terziaria.
    Struttura quaternaria. Proteine fibrose e proteine globulari. Motivi della
    diversità strutturale delle proteine; livelli strutturali nelle proteine:
    legame peptidico e struttura primaria; struttura secondaria: alfa elica; beta turns o girate; strutture supersecondarie. Proteine fibrose e
    globulari: differenze funzionali e strutturali; esempi; la cheratina;
    l’elastina; collagene e suoi cross-links; proteine globulari.
    • Proteine Intrinsecamente disordinate (IUP): basi fisiche delle proteine
    intrinsecamente disordinate; classificazione; alcuni esempi; loro ruolo e
    distribuzione negli eucarioti; significato di proteina IUP; significato
    metabolico delle proteine IUP; relazioni disordine intrinseco/funzione;
    effetti funzionali delle modiche post-traduzionali su queste proteine:
    riconoscimento e regolazione.
    • Cenni su malattie dovute ad alterazione strutturale delle proteine.
    • Proteine trasportatrici di ossigeno: mioglobina (Mb) ed emoglobina
    (Hb); livelli strutturali; l’eme; curve di ossigenazione Mb e Hb; struttura
    quaternaria Hb; il 2,3-bisfosfoglicerato; effetti allosterici; ontogenesi di
    Hb; effetto Bohr; glicosilazione non enzimatica dell’Hb. Anemie:
    definizione e classificazione. Le principali emglobinopatie.
    • Il collageno: composizione amminoacidica e struttura a tripla elica del
    tropocollageno. Tappe di sintesi e maturazionne del collageno. Le
    principali collagenopatie.
    • Gli enzimi: catalisi enzimatica. energia di attivazione e azione dei
    catalizzatori. sito attivo e complesso enzima-substrato. Adattamento
    indotto. Stereo specificità del substrato; teoria dello stato di transizione;
    aspetti energetici; complessi multienzimatici; classificazione; coenzima;
    cofattori; effetto dell’ambiente sull’enzima; enzimi in medicina. effetto
    del pH e della temperatura sulla catalisi enzimatica. Isoenzimi; loro
    significato in Biochimica sistematica; implicazioni biochimico-cliniche.
    • Cinetica enzimatica: equazione cinetica e costante di velocità;
    equazione di Michaelis e Menten; grafici e parametri dell’equazione, loro
    significato funzionale; determinazione dei parametri cinetici; grafici di
    Lineweaver-Burk; inibizione enzimatica, reversibile ed irreversibile; effetti
    cinetici degli inibitori; inibizione competitiva e sua cinetica, parametri
    cinetici e loro significato. Esempi d’inibizione competitiva; inibitori
    acompetitivi ed incompetitivi, loro cinetiche e significato dei parametri
    cinetici.
    • Regolazione enzimatica: definizione e significato funzionale.
    Regolazione covalente, reversibile (fosforilazione, metilazione,
    acetilazione, adenilazione) e irreversibile (zimogeni e proteolisi limitata);
    vie metaboliche o catene di enzimi: regolazione a feedback. Concetto di
    tappa limitante ed enzima regolatore. Allosterismo: effettori allosterici e
    cooperatività; enzimi con siti multipli cooperativi e non-cooperativi;
    modello di enzima allosterico monometrico e multimerico; omoallosteria
    ed eteroallosterismo, cinetiche; modello sequenziale ed a simmetria
    concertata; esempi. Proteine ed enzimi inducibili e costitutivamente
    espressi. Ruolo della regolazione genica nell’espressione di enzimi
    inducibili.
    • Carboidrati: classificazione e proprietà funzionali; carboidrati semplici e
    complessi, proiezioni di Fisher; centri chirali; serie stereochimiche dei
    carboidrati; enantiomeri; importanti monosaccaridi; ciclizzazione
    intramolecolare; formule cicliche dei carboidrati; galattosemia; formule
    furaniche e piraniche; oligosaccaridi; legame glicosidico; lattasi e suo
    deficit; polisaccaridi; amido, glicogeno e cellulosa; digestione zuccheri;
    indice glicemico; assorbimento fruttosio; mucopolisaccaridi;
    glicoproteine.
    • Lipidi. Funzioni biologiche, organizzazione strutturale, nomenclatura e
    classificazione. Acidi grassi saturi, monoinsaturi e polinsaturi; importanza
    dei doppi legami coniugati; flessibilità; abbondanza in natura; stato fisico;
    gli acidi grassi essenziali; composizione in lipidi di alimenti; triacilgliceroli;
    lipidi complessi; glicerolipidi; glicerofosfolipidi; fosfolipidi; fosfolipasi;
    sfingolipidi; cere; terpeni; carotenoidi; terpeni nelle vitamine; steroidi;
    aspetti clinici dei lipidi; lipidi e membrane.
    • Vitamine: significato funzionale, vitamine liposolubili ed idrosolubili;
    provitamine, fabbisogno, ipovitaminosi ed ipervitaminosi, vitamine
    sintetiche, vie e meccanismi di assorbimento; singole vitamine
    idrosolubili e liposolubili, formula, funzione, meccanismo di azione,
    significato clinico.
    • Ormoni: cenni di struttura, classificazione e biosintesi. Ormoni e
    recettori. Ormoni pancreatici e surrenalici, loro effetti sul controllo dei
    glucidi; loro meccanismi di azione e controllo; effetti fisiologici; i secondi
    messaggeri intracellulari; insulina, glucagone, adrenalina e loro meccanismi specifici; effetti dell’insulina, trasporto del glucosio.

    • II semestre
    • Introduzione al metabolismo. Le vie metaboliche. Principi di
    bioenergetica. Le leggi della termodinamica. La variazione di energia
    libera. Il trasferimento dei gruppi fosforici e l'ATP. L'energia libera di
    idrolisi dell'ATP.
    • Il metabolismo: cos’è il metabolismo; anabolismo e catabolismo;
    metabolismo intermedio; vie metaboliche; ATP e termodinamica.
    • Cicli metabolici: autotrofi ed eterotrofi; schemi metabolici di
    catabolismo, anabolismo e metabolismo; respirazione aerobica e
    fermentazione anaerobica; glicolisi e mitocondrio; vie metaboliche lineari,
    cicliche e mappa; ossidazione, potere calorico alimenti e NAD.
    • La glicolisi: reazioni, bilancio, meccanismi enzimatici; destino del
    piruvato; glicolisi anaerobica. Regolazione della glicolisi
    • Utilizzazione del glucosio e curva glicemica post-prandiale. Regolazione
    ormonale della glicemia: l’insulina. Glicogeno, metabolismo e funzioni;
    glicogenosintesi, glicogenolisi, reazioni, enzimi, regolazione.
    • Via dei pentosi fosfato – i fosfopentosi, loro metabolismo, reazioni,
    enzimi, regolazione ed importanza nel metabolismo degli eritrociti.
    • Effetti ossidativi nell’eritrocita e sistemi di difesa: glutatione,
    metemoglobina reduttasi. Deficit di G6PD e favismo.
    • Specie reattive dell’ossigeno e loro ruolo fisiologico. Ossidazione dei
    componenti di membrana e sistemi di difesa; glutatione e sua funzione;
    difese antiossidanti dell’eritrocita;
    • Regolazione metabolismo glucidico – gluconeogenesi: glicolisi aerobica
    ed anaerobica, bilancio energetico; piruvato e acetilCoA, loro significato;
    la glicemia; regolazioni allosteriche nella glicolisi e trasportatori di
    glucosio.
    • Monosaccaridi e disaccaridi; assorbimento; lattosio, Intolleranza al
    lattosio. Lattato deidrogenasi e suoi isoenzimi.
    • La piruvato deidrogenasi: i compartimenti mitocondriali; la piruvato
    deidrogenasi, funzione, struttura del complesso, meccanismo d’azione, le
    molecole partecipanti, sequenza delle reazioni e visione generale di esse,
    significato funzionale delle varie reazioni e delle molecole che vi
    partecipano; regolazione del complesso.
    • Ciclo di Krebs: dove avviene; relazioni con le altre vie metaboliche ed
    aspetti energetici; reazioni e meccanismi del ciclo, enzimi e metaboliti
    coinvolti, regolazione del ciclo, effettori allosterici del ciclo, bilancio
    energetico; carrier mitocondriali.
    • Il mitocondrio e le reazioni redox, catena di trasporto degli elettroni,
    complessi proteici della catena respiratoria, reazioni, enzimi regolazione
    e loro significato metabolico; il gradiente chimico ed elettrochimico delle
    membrane mitocondriali, il flusso di elettroni genera energia.
    • Destino metabolico dei lipidi: lipidi dalla dieta, loro digestione, acidi
    biliari e lipasi, degradazione dei triacilgliceroli, degli esteri del colesterolo,
    dei fosfolipidi, controlli della digestione dei grassi, destino dei lipidi
    assorbiti.
    • Lipidi e catabolismo: controllo del rilascio degli ac. grassi nel sangue e
    trasporto; attivazione ed ingresso nel mitocondrio; beta-ossidazione dei
    vari tipi di ac.grassi, reazioni e cicli, enzimi, regolazione; bilancio
    energetico; perossisomi; ossidazione degli ac.grassi polinsaturi; corpi
    chetonici e chetogenesi, concentrazioni plasmatiche; relazioni acetilCoAcorpi
    chetonici; regolazione lipolisi.
    • Metabolismo del colesterolo: origini, ruolo biochimico, colesterolemia e
    dieta; assorbimento intestinale, enzimi pancreatici, bile, ruolo dell’epitelio
    intestinale, biosintesi lipoproteine, esportazione chilomicroni, loro destino
    metabolico; lipoproteine, struttura, composizione, classificazione, le
    lipoproteine come marcatori clinici; biosintesi del colesterolo, sua
    regolazione, inibitori; shunt del transmetil-glucataconato; effetti
    macroscopici del controllo del colesterolo, nell’epatocita, intracellulare,
    effetti del ritmo circadiano; ruolo delle lipoproteine, le apolipoproteine e
    loro funzione, densità delle lipoproteine, classi di lipoproteine e loro
    significato metabolico; fattori di rischio cardiovascolari e loro significato
    biochimico, fitosteroli, fibre alimentari e loro meccanismo biochimico.
    • Biosintesi dei lipidi: lipogenesi; l’acetilCoA, suo significato metabolico;
    biosintesi ac. grassi, reazioni, enzimi e loro meccanismi d’azione; l’acido
    grassi sintasi, struttura e suo meccanismo d’azione; regolazione biosintesi ac. grassi; catene ac grassi, allungamento e desaturazione;
    eicosanoidi, bilancio metabolico omega 3 PUFA e omega 6 PUFA, sintesi
    ac. arachidonico; classificazione eicosanoidi, struttura e loro significato
    funzionale, meccanismo di azione, Ciclossigenasi e Lipossigenasi, effetti
    metabolici, prostaglandina sintasi ed effetto degli antinfiammatori,
    bradichinina, sinossi sulla sintesi dei triacilgliceroli.
    • Metabolismo delle lipoproteine: origini del colesterolo epatico; destino
    metabolico delle lipoproteine, chilomicroni, VLDL, LDL ed LDL modificate,
    HDL; la lipoproteina (a).
    • Il tessuto adiposo: sua funzione, adipociti e loro origine, loro attività ed
    obesità; ruolo fisiologico del tessuto; lipidoma, metabolismo del tessuto
    adiposo e sua regolazione, sua complessità e flessibilità, adipochine,
    sintasi degli ac.grassi.
    • Biosintesi e catabolismo dell'Eme: le reazioni, la regolazione, il bilancio
    energetico. I pigmenti biliari. Ittero.
    • Biosintesi e catabolismo dei nucleotidi purinici e pirimidinici; le reazioni,
    la regolazione, il bilancio energetico.
    • Metabolismo dell’unità monocarboniosa. Ruolo del folato e suoi derivati.
    Il ciclo dei folati e suoi inibitori. Le reazioni di transmetilazione. Sadenosilmetionina
    e S-adenosilomocisteina.
    • Morte cellulare. La morte cellulare programmata. Attivazione
    dell’apoptosi e sua regolazione. Via intrinseca (mitocondriale) ed
    estrinseca (death receptors). Ruolo della proteina P53. Le caspasi e loro
    attivatori e substrati. Metodi di studio dell’apoptosi. Apoptosi e malattie
    (cenni).
    • Metabolismo proteico: amminoacidi essenziali, relazioni tra
    amminoacidi e vie metaboliche, amminoacidi glucogenici e chetogenici;
    proteine e loro destino metabolico; digestione ed enzimi digestivi,
    assorbimento, trasporto aa nelle cellule, cistinuria, catepsine lisosiomali,
    proteo soma ed ubiquitina, meccanismo d’azione, regola dell’N-terminale,
    sequenze PEST; degradazione metabolica degli amminoacidi;
    transaminazione, meccanismo, AST e ALT, significato clinico; glutammato
    deidrogenasi; glutammina sintetasi e ruolo metabolico della glutammina;
    Ciclo dell’urea, reazioni, enzimi, meccanismi, regolazione e significato
    fisiologico; relazioni metaboliche tra ciclo Krebs e Ciclo urea; relazioni
    metaboliche tra fegato e muscolo relative al metabolismo azotato; difetti
    genetici del ciclo; adrenalina, nor-adrenalina e neurotrasmettitori; DOPA,
    GABA, Ossido nitrico e sua biosintesi, creatina fosfato e creatinina.
    • Trasduzione del segnale: secondo messaggero; principale secondi
    messaggeri: calcio, molecole lipofile, segnali redox, ossido nitrico; le
    risposte cellulari; le più importanti vie di segnalazione, MAP/ERK, CAMP/PKA, IP3/DAG, PI3K/AKT.

    English

    Teaching language

    Italian

    Contents

    The Biochemistry Course, which is organized in two semesters, provides
    an overview and in-deep discussion of the main aspects of medicaloriented
    Biochemistry, starting from studying the biomolecules and
    macromolecules of biological interest, their hierarchical structure and
    their assembly into complexes responsible for specific biological
    processes. Furthermore, the Course focuses on the major metabolic
    pathways and on their interconnection into metabolic regulated networks
    at cellular, tissue/organ and finally systemic level, which appear
    fundamental for the comprehension of the molecular bases of human
    pathologies. Particulary attention will be paid to the molecular and
    biochemical mechanisms at the base of the human Physiology, Pathology
    and Pharmacology, and of the newly-born concept of Precision Medicine.

    Textbook and course materials

    Principi di biochimica di Lehninger - Settima edizione - David L Nelson
    Michael M Cox . 2018 - Zanichelli
    Principi di biochimica - Donald Voet, Judith G. Voet, Charlotte W. Pratt -
    2017 - Zanichelli
    Biochimica con aspetti clinici - Thomas M. Devlin - 2012 - EdiSes
    Biochimica generale. Con elementi di biologia molecolare - F. Salvatore et
    al. - 2013 - Gnocchi
    L.A.Moran, K.G.Scrimgeour, H.R.Horton,R.S.Hochs, J.D.Rawn BIOCHIMICA
    Casa editrice McGroww-Hill
    Garrett e Grisham- Principi di Biochimica – Ed. Piccin
    Campbell / Farrell BIOCHIMICA - EdiSES
    J.M.Berg, J.L.Tymoczko, L.Stayer BIOCHIMICA - Zanichelli

    Course objectives

    The Biochemistry Course is aimed to provide medical students with the
    fundamental chemical and biological bases for the comprehension of the
    physiological mechanisms of the biochemical homeostasis, both at
    cellular and systemic level, and for gaining the ability to interpret the
    biochemical changes occurring in human diseases. Students will acquire
    knowledge on i., the major classes of biological molecules and
    macromolecules and on the main processes regulating their metabolism
    and the energy metabolism; ii., the regulation, at molecular and cellular
    level, of the main metabolic pathways; iii., the biochemical correlations
    between organs and tissues in normal and pathological conditions.
    Models of pharmacological interference with the studied biochemical
    pathways will be discussed.
    At the end of the course the students will have acquired the principles
    driving the modern precision molecular medicine and the cultural background
    necessary for approaching the studies of Physiology, Pathology,
    Immunology, Pharmacology and Medical Clinics at molecular level.

    Prerequisites

    To attend proficiently the Biochemistry Course, students need to have
    acquired a well-established background in Chemistry and Propaedeutic
    Biochemistry, Biology and Molecular Biology, and Physics.
    Access to the exam is regulated by passing the preliminary exams, as
    established by the Degree Course Council.

    Teaching methods

    Frontal lessons will be delivered by means of Power Point files projection
    or other tools. Throughout lesson, discussion will be stimulated to give
    elucidations and further insights on the topics object of the study.
    Teachers will be available throughout the course and afterwards, to
    provide explanations on each biochemical aspect studied and to support
    students during their training.

    Evaluation methods

    The final exam includes a written test followed by an oral examination.
    A mid term exams (quiz including 30 multiple choice questions) might be
    administered at the end of the first semester. This will not sum up with
    the final score and it is uniquely aimed at encouraging the students to
    challenge with apprenticeship of the first group of topics. The final exam
    includes a written test (including 30 multiple choice questions - 1 point of
    score will be given, to any right answer, no penalty for wrong answers) on
    all topics. An oral test will follow, aimed at ascertaining the learning of
    the topics addressed during the Biochemistry course.
    The student must demonstrate a deep knowledge of the structural
    aspects of the main classes of biomolecules and of the regulation of the
    main metabolic pathways with particular attention to the mechanisms of
    the most common pathologies. The final grade is expressed in 30th,
    where 18 represents the minimum and 30 the maximum

    Course Syllabus

    First semester
    • Functional groups and chemical bonds. Importance of structural
    stability and tridimensional organization of the biological
    macromolecules.
    • Water: importance for the life; water in the biological fluids; H2O
    structure and its chemical-physical properties (pH, buffering potential,
    acid-bases equilibrium, etc.); water interaction; hydrogen bond; structure
    of water at different physical states; solubility, dielettric constant and its significance; termodinamical effects of solubility, solvent effect;
    hydrophobic effect; biological consequence of hydrofobic effect;
    properties of living systems.
    • Proteins: composition and structures.
    • Protein building blocks: the amino acids; structure, features and
    classification based on the chemical nature of the lateral chain; other
    classifications (ie, essential and non-essential amino acids); other amino
    acid subclasses such as hydroxyamino acids, sulfur amino acids, etc)
    Acid-base properties of amino acids, optical activity and chirality. The
    peptidic bond and its geometry and features. Protein posttranslational
    modifications.
    Structure-function relationships. Multiple biological functions of proteins.
    Peptides with biological functions. Protein families.
    • Levels of structural organization of the proteins. Protein primary
    structure Electronic and geometric features of the peptide bond and
    secondary structure. Tertiary structure. Quaternary structure. Protein
    families. Fibrous proteins and globular proteins. Fibrillar proteins:
    structural and functional properties. Keratin, collagen, elastin.
    Proteoglycans and the extracellular matrix (ECM). Biosynthesis and postbiosynthetic
    processing. Globular proteins.
    • Intrinsically disordered proteins (IDPs): physical bases of IDPs;
    classifications; some examples; roles and distributions in eukaryotes;
    significance of IDP proteins; metabolic roles of IDPs; intrinsic
    disorder/function relationship; functional effects of post-translatonal
    modifications (PTMs): recognition and regulation.
    • Misfolding of proteins and related diseases.
    • Proteins that carry oxygen; myoglobin (Mb) and Hemoglobin (Hb)
    structure. Strutural level. The heme group. Hb ligands: O2, CO2, H+, 2,3-
    BPG, etc. Hb “T” (tense) and “R” (relaxed) states. Hb saturation
    (dissociation) curve. Role of 2,3-BPG in the stabilization of the “T”
    conformation. Bohr effect. Mechanisms for maintenance of reduced state
    of iron within heme: methemoglobin reductase. Transport of CO2: role of
    Hb, role of carbonic anhydrase, role of bicarbonates. Anemia: definition
    and fundamental aspects. Some examples anemias: thalassemias, sickle
    cell anemia, favism (see also reference to pentose phosphate pathway).
    Collagen: amino acid composition and triple helix structure of the
    tropocollagen. Synthesis and maturation stages of collagen. The main
    collagen diseases.
    • Enzymes. Thermodynamics of chemical reaction. Free energy variation
    of enzyme-catalyzed reaction. Activation energy and mechanisms of
    enzymatic catalysis. Transition state theory. Active site and enzymesubstrate
    complex. “Induced Fit Model” versus “Lock and key model”.
    Stereo specificity of the enzymatic reaction. Classification of enzymes.
    Coenzymes and cofactors. Environmental factors affecting enzyme
    activity: temperature, pH. Isoenzymes and their meaning in systemic
    Biochemistry. Clinical biochemistry implications. Enzymes in Medicine.
    • Enzymatic Kinetics: kinetic equation and velocity constant; Michaelis-
    Menten equation; The graph of Michaelis-Menten. Parameters of
    enzymatic kinetics: Vmax and Km. Their functional significance.
    Lineweaver-Burk graph. Reversible and irreversible enzymatic inhibition.
    Kinetic effects of enzyme inhibitors. Competitive and non-competitive
    and acompetitive enzymatic inhibition.
    • Enzymatic regulation: definition and functional meaning Covalent
    reversible regulation (through phosphorylation, methylation, acetylation,
    adenylation) and irreversible (activation of zymogens and controlled
    proteolysis); metabolic pathway organization: feed-back regulation.
    Concept of rate-limiting step and regulatory enzyme. Allosterism:
    allosteric effectors and cooperativity;enzymes with multiple cooperative
    and non-cooperative sites; modela of monomeric and multimeric
    allosteric enzyme; omoallosterism and eteroallosterism; kinetics:
    sequential and concerted symmetry models. Inducible and constitutively
    expressed enzymes. Role of gene expression regulation in the inducible
    enzymes.
    • Carbohydrates: classification and functional properties; simple and
    complex carbohydrates; Fisher projections; chiral centers; stereochemical
    series of carbohydrates; enantiomers; relevant monosaccarydes;
    intramolecular cyclization; cyclic formulas of monosaccharides; pyranosic
    and furanosic formulas; glucose and its role as major fuel for sspific tissues and organs; glycemia: normal range and limits. Glycemia
    alterations in diabetes. Glycosidic bond; oligosaccharydes: lactose and
    lactase deficit; polysaccharydes: starch, cellulose, chitin and glycogen;
    dietary assumption and digestion of carbohydrates; glycemic index;
    Mucopolysaccharides, glycosaminoglycans and glycoproteins.
    • Lipids: biological function, structural organization, nomenclature and
    classification. Saturated, monounsatured and polyunsatured fatty acids;
    physical status; importance of conjugated double bonds; flexibility;
    relative abundance in nature; essential fatty acids; food lipid composition.
    Storage lipids and membrane lipids: triacylglycerols; phospholipids;
    complex lipids: glycerolipids glycerophospholipids, sphingolipids.
    Phospholipase activities. Waxes and terpenes, carotenoids; terpenes in
    vitamins; Sterols: cholesterol and its derivatives. Eicosanoids. Clinical
    aspects of lipids.
    • VIitamins: Functional significance; requirements and function;
    classification in liposoluble and hydrosoluble vitamins; concept of
    provitamins, vitamer, requirements, hypo- and hypervitaminosis;
    Synthetic vitamins.
    Liposoluble vitamins:
    A- Structure, derivatives, functions, metabolism, vit A and vision, sources,
    deficiency
    K- Structure, functions, K-dependent coagulation factors, metabolism,
    deficiency, clinical references to oral anticoagulants.
    D- Structure, functions, metabolism, biosynthesis and relationships to
    bone and renal disease, sources, deficiency (Rickets)
    E-Structure, functions, metabolism, antioxidant mechanism acitivity (ref
    to biochemistry of ROS), sources,
    Hydrosoluble vitamins:
    B1- Structure, functions, metabolism, coenzymes, sources, deficiency
    B2- Structure, function metabolism, coenzymes (FMN, FAD), sources,
    deficiency (Ariboflavinosis)
    PP- Structure, functions, coenzymes (NAD+ and NADP+), metabolism,
    sources, deficiency (Pellagra)
    B6- Structure, function metabolism, coenzyme, sources, deficiency
    Biotin- Structure, metabolism (role of biotinidase or holocarboxylase
    synthetase), functions, metabolism, sources.
    Pantothenate- Structure, function metabolism, sources, deficiency
    Folate- Structure, biochemical processes in which folate is involved, role
    in C1 metabolism, folate cycle, sources, supplementation for NTD
    prevention, deficiency and macrocytic anemia.
    B12- Structure, coenzymes, absorption and role of the Intrinsic Factor,
    functions, metabolism, sources, deficiency (megaloblastic anemia)
    C- Structure, functions (ref to postbiosynthetic processing of collagen
    precursor), metabolism, sources, deficiency (Scurvy)
    • Biochemistry of hormones: fundamentals of structure, classification and
    biosynthesis and mechanism of action. Hormones and their receptors.
    Pancreatic and adrenal hormones; mechanisms of action and control;
    second intracellular messengers. Peptide and protein hormones:
    classification, site of production, regulation of release and target tissues
    (also ref to carbohydrate metabolism and calcium metabolism). Special
    focus on insulin, glucagon, epinephrine and on their specific mechanisms:
    structure and biosynthesis; characteristics of their receptor and of the
    activated signal transduction pathways; effects on carbohydrate tissue
    utilization and on the metabolism in general (ref. to glucose metabolism).
    Catecholamines (also ref to amino acid metabolism). Thyroid hormones
    (biosynthesis, activities). Steroid hormones: classification and
    biosynthesis (ref to cholesterol metabolism). mechanism of action; The
    steroid and thyroid receptor superfamily and responsive elements.
    II semester
    • Introduction to metabolism. The metabolic pathways. Principles of
    bioenergetics. The laws of thermodynamics. The variation of free energy.
    Transfer of phosphoric groups and ATP. The free energy of ATP
    hydrolysis.
    • Metabolism: what is metabolism: anabolism and catabolism;
    intermediate metabolism; Linear or cyclic, divergent or convergent
    metabolic pathways; overall map of metabolism. Metabolic schemes of catabolism, anabolism; metabolism in presence of oxygen (cellular
    respiration) or in absence (anaerobic fermentation); role of mitochondria;
    ATP as a central molecule between the two anabolic and catabolic
    pathways. Oxidation and caloric power of nutrients. Cofactors involved in
    reducing unit transfer: NAD, NADP, FAD.
    • Digestion and absorption of carbohydrates. Lactose intolerance.
    Utilization of glucose and post-prandial glycemia curve. Insulin role.
    • Glycolysis: stages, mechanisms or reactions, regulation, energy
    balance. Fates of pyruvate: aerobic and anaerobic glycolysis. The
    isoenzymes of lactic dehydrogenase. The metabolism of fructose and
    galactose.
    • Glycogen metabolism: reactions and energy balance of glycogen
    synthesis and glycogenolysis. Regulation of glycogen metabolism in
    muscle and liver. Hormonal regulation of blood glucose: insulin, glucagon,
    adrenaline. Glycogen storage diseases.
    • Gluconeogenesis: substrates for glucose resynthesis: pyruvate,
    glycerol, oxaloacetate (also ref to glucogenic amino acids); reactions,
    regulation, energy balance. Mutual regulation of glycolysis and
    gluconeogenesis. The Cori cycle. The glucose-alanine cycle.
    • The pentose phosphate cycle: reactions, regulations, energy balance.
    Importance in the overall erythrocyte metabolism. Overall role of NADPH
    in metabolism (reductive biosynthetic processes, nitric oxide synthesis)
    and its importance in the anti-oxidative defense mechanisms: role of
    glutathione and of methemoglobin reductase; erythrocyte deficiency of
    glucose-6-phosphate dehydrogenase. All other reactions in which NADPH
    is formed.
    • Reactive Oxygen Species and their physiological and pathological roles.
    Oxidation of membranes and other cellular components (DNA, proteins)
    and cellular antioxidant defense mechanisms.
    • Oxidative decarboxylation of pyruvate and its conversion to acetyl-CoA.
    Mitochondrial compartments. Pyruvate dehydrogenase complex:
    localization, structure, action, participating coenzymes, mechanism of
    action and regulation.
    The citric acid cycle: localization, reactions, enzymes involved and their
    mechanisms of action, allosteric modulators and regulation, energy
    balance. Functions of the Krebs cycle and its interrelation with other
    metabolic pathways. Anaplerotic reactions. Mitochondrial carriers.
    • Mitochondria and redox reactions. Electron transport chain (ETC) and
    Oxidative phosphorylation; protein complexes of ETC, reactions and
    enzymes involved, their mechanism of actions and regulations. The
    electron flux generates energy: the H+ (proton) pump and the generation
    of the electrochemical proton gradient through the mitochondrial
    membranes Coupling of electron transport and ATP biosynthesis. The FATPase
    rotary motors. The chemo-osmotic theory. Inhibition and
    decoupling of oxidative phosphorylation. Shuttle systems for
    mitochondria transport of reducing equivalents from cytosolic NADH.
    Respiratory chain inhibitors and modulators
    • Lipids: dietary lipids, their digestion, bile salts and pancreatic lipase,
    hydrolysis of triacylglycerols, of cholesterol esters, phospholipids,
    absorption and organization into the chylomicrons. Different destinies of
    the absorbed lipids.
    • Lipids and catabolism: utilization of fatty acids and triacylglycerols;
    control of fatty acid release in blood and transport; activation of fatty
    acids and transfer into the mitochondria: role of the carnitine shuttle
    system; beta-oxidation: reactions, enzymes involved, regulation, energy
    balance; odd carbon fatty acid degradation. Peroxisomes, oxidation of
    polyunsatured fatty acids; ketone bodies: biosynthesis and utilization,
    plasmatic concentrations; fate of glycerol (ref. to gluconeogenesis).
    Regulation of lipolysis.
    • Cholesterol metabolism: origins, biochemical roles, colesterolemia and
    diet. Cholesterol role as the steroid precursor, biomedical implications.
    Cholesterol biosynthesis: reactions, enzymes, regulation and inhibitors;
    The trans-methyl glutaconate shunt. Role of coholesterol in lipoproteins.
    Lipoproteins: classification, biosynthesis and metabolism. The
    apolipoproteins. The LDL receptors and scavenger receptors.
    Cardiovascular risk factors. Ref to type IV hypercholesterolemia.
    Phytosterols dietary fibers and their biochemical mechaismsPathways of
    metabolism of complex lipids. Biological membranes: composition, structure, receptors (also ref to: asignal
    transduction pathways; b-glycoproteins and proteoglycans)
    Lipids biosynthesis: lipogenesis, acetyl-CoA and its metabolic
    significance; fatty acid biosynthesis: reactions, enzymes, mechanismsof
    actions; fatty acid synthase: structure and mechanism of action,
    regulation, elongation and desaturation of fatty acid chains. omega 3
    PUFA e omega 6 PUFA metabolic balance. Arachidonic acid biosynthesis;
    Eicosanoids: classification, structure and functional roles, mechanism of
    action, biosynthesis of thromboxanes and prostaglandins. Role of acetyl
    salicylic acid C and of antinflammators. Biosynthesis of membrane
    phospholipids.
    Adipose tissue: functions, roles, white, brown and beige adipocytes and
    their origins, obesity, adipokines produced and role in the deleterious
    effects of fat (particular visceral fat) on human health.
    Proteins: High and low biological value proteins: essential and nonessential
    amino acids. Proteins digestions. Activation of gastric and
    pancreatic zymogens and action of active enzymes. Absorption of amino
    acids: the amino acid pool. Evolutionary conserved forms of amino acid
    nitrogen disposal. The glutamine synthetase/glutaminase system (organ
    distribution, functional meaning). Role of Glucose-Ala cycle in amino
    group transport in circulation. The role of aminotransferases (ALT and
    AST) and glutamic dehydrogenase. Urea cycle: localization, reactions,
    regulation, energy balance and functional mraning. Metabolic correlations
    between urea cycle and Krebs cycle. Genetic defects of the urea cycle.
    Fate of the carbon skeleton: glucogenic and ketogenic amino acids.
    Correlations with gluconeogenesis. Metabolism of specific amino acids.
    Amino acids as neurotransmitter or their precursors (GABA, glycine,
    Phe/Tyr, Trp). Biogenic amines (indolamines, catecholamines,
    histamine). Methionine metabolism (general features; also ref to folate
    and B12) S-Adenosylmethionine, transulfuration pathway, role of THF, B6
    and B12; Glycine/Cysteine synthesis. Folic acid or B9 or B12 deficiency as
    risk factor for human disease. Nitric oxide and its biosynthesis; creatinephosphate
    and creatinine.
    Heme metabolism: reactions, enzymes involved, energy balance,
    regulation of biosynthesis and catabolism of heme processes. Bile
    pigments.
    Purine and pyrimidine nucleotide metabolism: reactions, enzymes
    involved, energy balance, regulation. Disease associated to genetic
    defects in the pathways involved.
    • Signal transduction: hormones and cytokines and their receptors;
    second messengers; main second messenger: calcium, lipophilic
    molecule, redox signals, nitric oxide; the cellular responses; the main
    signal transduction pathways: MAPK/ERK, CAMP/PKA, IP3/DAG, PI3K/AKT.

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